Η αφανής εταιρεία αποτελεί υποκείμενο του φόρου εισοδήματος. Αυτό ξεκαθάρισε η ΑΑΔΕ σε οδηγίες που έδωσε σχετικά με τη φορολογική μεταχείριση της αφανούς εταιρείας.
Η διευκρίνιση αυτή δόθηκε διότι υπήρξε η παρανόηση πως από την στιγμή που δεν υπάρχει ρητή αναφορά στην φορολογική νομοθεσία περί φορολόγησης της αφανούς εταιρείας, αυτή παραμένει εκτός πεδίου φορολογίας εισοδήματος.
Έτσι, με αφορμή ερωτήματα που έχουν υποβληθεί στην ΑΑΔΕ, αναφορικά με το πιο πάνω θέμα, με τη νέα εγκύκλιο 2076/2022 αποσαφηνίσθηκε πως η αφανής εταιρεία αποτελεί μεν υποκείμενο του φόρου εισοδήματος νομικών προσώπων και νομικών οντοτήτων, ωστόσο, με βάση τόσο τις διατάξεις του ν.4072/2012 όσο και τη δικαστηριακή νομολογία, καθίσταται σαφές ότι αυτή δεν προβάλλεται στις συναλλαγές με τρίτους, ακόμα και αν είναι η φορολογική αρχή, αλλά υφίσταται ως εταιρεία για τις εσωτερικές σχέσεις των εταίρων μεταξύ τους, σύμφωνα και με όσα εκτέθηκαν ανωτέρω. Κατά συνέπεια, δεν είναι δυνατή η υποβολή δηλώσεων φορολογίας εισοδήματος από αφανή εταιρεία ως τέτοια.
Τα έσοδα που αποκτώνται από τη δραστηριότητα της αφανούς εταιρείας φορολογούνται στο όνομα του εμφανούς εταίρου κατά περίπτωση και ανάλογα με την μορφή του (ατομική επιχείρηση, νομικό πρόσωπο ή νομική οντότητα).
Αν ύστερα από τη διενέργεια ελέγχου διαπιστωθεί η ύπαρξη αφανούς εταιρείας και η απόκρυψη φορολογητέας ύλης, τότε εκδίδεται από τη Φορολογική Διοίκηση πράξη διορθωτικού προσδιορισμού του φόρου στο όνομα του ασκούντος την επιχείρηση ως εμφανούς εταίρου αφανούς εταιρείας, στην περίπτωση δε αυτή, ο εφαρμοζόμενος συντελεστής φορολογίας επί των καθαρών κερδών είναι ο οριζόμενος από τις διατάξεις της παρ. 1 του άρθρου 58 του ΚΦΕ, ως υποκείμενο του φόρου σύμφωνα με την περ. ε’ του άρθρου 45 του ΚΦΕ.